Als gevolg van de beschietingen en gevechten bij de bevrijding door de Canadezen waren er helaas slachtoffers te betreuren.
Voordat de Canadese infanteristen de aanval op Harlingen konden inzetten, moet eerst het geschut, waaronder veel licht Flak geschut, worden uitgeschakeld. Hiertoe werd in de avond van maandag 16 april begonnen met artilleriebeschietingen.
De beschietingen konden vrij nauwkeurig worden uitgevoerd omdat het verzet tekeningen had gemaakt waarop alle Duitse stellingen en bezette gebouwen stonden aangegeven.
Desondanks zijn er ook een aantal burgerwoningen getroffen. Zo werd een woning in de Dokstraat totaal vernield. Gelukkig vielen daarbij geen gewonden. Maar er waren door de beschietingen ook burgerslachtoffers te betreuren. In totaal waren er daardoor vijf burgerdoden. Een daarvan was de 7-jarige Jacob Christiaan (Japie) Kuijper, die met zijn ouders woonde aan de Weeshuisstraat.
Ook de drukkerij met bovenwoning van de familie Van Vliet op de Lanen 21 werd getroffen. Daarbij zijn Wieger Pieter van Vliet, volgens de overlijdensakte 22 jaar en drukker, en zijn broer Pieter Wieger van Vliet, volgens de akte 24 jaar en medisch student, omgekomen. In de woning was ook de 20-jarige G. Zijlstra aanwezig. Hij raakte gewond en moest daardoor een voet missen.
De 24-jarige Petronella (Nelly) Nota, die aan de Trekweg buiten Harlingen woonde, raakte bij de beschietingen tussen de Canadezen en de Duitsers ernstig gewond en overleed later aan haar verwondingen.
En dag eerder (15 april) hadden de Duitsers na sabotageacties in Herbaijum granaten afgevuurd richting Kiesterzijl. Daarbij kwamen ook enkele granaten in Midlum terecht. Hierbij raakte de 31-jarige timmerman Lodewijk Tichelaar gewond en hij overleed enkele dagen later.
Bij de bevrijding van Harlingen zijn ook zeker negen Duitsers gesneuveld. Aan de Canadese zijde waren er alleen enkele (licht)gewonden.
In de dagen voor de bevrijding hebben de Duitsers documenten vernietigd en (militaire) installaties vernield. Veel Duitsers probeerden via Harlingen de “Festung Holland” te bereiken. In deze dagen werd de bewegingsvrijheid voor de inwoners sterk beperkt.
In de nacht van vrijdag 13 op zaterdag 14 april verlieten de in Harlingen gedetacheerde Zoll-beambten de gebouwen aan de Voorstraat en de Zuidoostersingel, nadat ze eerst alle papieren hadden verbrand. Andere Duitse onderdelen volgden hun voorbeeld en trokken ook over de afsluitdijk of per schip naar “Festung Holland”.
Op 14 april maakte (waarnemend) politiecommandant, de opperluitenant P.A. Sanders bekend: ‘In opdracht van den plaatselijken gevechtscommandant wordt bekend gemaakt, dat het verboden is zich buiten uiterste noodzaak op straat op te houden. Stilstaan is absoluut verboden. Bij overtreding wordt door militaire patrouilles van de wapenen gebruik gemaakt.’
Diezelfde avond vielen er twee slachtoffers: de 24-jarige Sijbren Kuiper en zijn vrouw, Satske Kuiper-van Ingen. Toen hun hondje naar buiten was ontsnapt heeft de heer Kuiper aan zijn echtgenote aangegeven hem wel even te roepen, waarna hij de deur van hun kleine huisje aan de Steenhouwersstraat opende. De overbuurman stond ook in de deuropening en er ontstond een gezellig gesprek. Saskia was er ook bij gekomen en de hond was inmiddels teruggelopen.
Op de hoek van de Steenhouwersstraat zat een gewapende Duitser en toen de heer Kuiper zijn hoofd iets te ver buiten de deur stak werd hij dodelijk getroffen. Zijn vrouw, die achter hem stond, raakte aan haar voorhoofd gewond. Zij werd door de Duitsers naar het ziekenhuis gebracht en moest daar een nacht blijven. De kleine baby Piet werd echter in zijn bedje moederziel alleen achtergelaten. In de loop van de nacht hebben de achterburen, de familie Koster, de kleine baby Piet uit zijn bedje gehaald en meegenomen naar huis.
Op zaterdag 14 en zondag 15 april trok ook een bonte stoet van Duitsers en de met hun meegevluchte NSB‘ers, landwachters en andere landverraders in auto’s, met paard en wagen, fietsend of lopend door Harlingen richting de Afsluitdijk. Daarbij werden ook veehouders gedwongen om de vluchters te vervoeren. Van de veehouders uit Dantumadeel is bekend dat zij hen niet verder dan Harlingen hoefden te brengen en daarna weer naar huis konden terugkeren.
Het viel de bewoners op dat het vooral om erg jonge soldaten ging.
Op zondag 15 april mocht niemand meer op straat komen. Alleen tussen 16.00 en 18.00 uur werd het toegestaan om nog even boodschappen te doen. Die dag begonnen de nog in Harlingen achtergebleven Duitsers met het uitvoeren van vernielingen. Dit werd de volgende dag geïntensiveerd. Zo werden bruggen in de Midlumer- en Kimswerderweg opgeblazen.
Ondanks het straatverbod sloegen de Harlingen, omdat de Duitsers nog nauwelijks op de naleving van het uitgangsverbod toezagen, op verschillende plaatsen aan het plunderen in door Duitsers verlaten gebouwen, zoals het Koel- en vrieshuis waar een lading varkensvlees was opgeslagen. Ook plunderde men een goederentrein vol 40+ kaas, waarbij de tender van de locomotief werd verlost van grote briketten. Dat was niet zonder risico’s want op dat moment waren er nog wel zo’n vijfhonderd Duitsers in Harlingen aanwezig.